Thương mại điện tử đang ngày càng trở thành một phần quan trọng của nền kinh tế, nhưng việc quản lý thuế trong lĩnh vực này đang gặp nhiều thách thức. Theo báo cáo của Thanh tra Chính phủ, nhiều cá nhân và tổ chức kinh doanh trên các nền tảng thương mại điện tử như Google, Facebook, YouTube, Zalo… nhưng không đăng ký mã số thuế. Tình trạng này đã dẫn đến thất thu thuế, do thiếu các quy định kiểm soát dòng thanh toán.

Để khắc phục vấn đề này, Thanh tra Chính phủ đã đề nghị Bộ Tài chính bổ sung các cơ chế giám sát, kiểm tra việc kê khai và nộp thuế đối với tổ chức, cá nhân kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử hoặc mạng xã hội. Bộ Tài chính đã phản hồi và cho biết rằng Luật số 56/2024/QH15 quy định, đối với hoạt động kinh doanh thương mại điện tử và các dịch vụ số được thực hiện bởi nhà cung cấp nước ngoài, họ phải trực tiếp hoặc ủy quyền đăng ký, khai và nộp thuế tại Việt Nam.

Đối với các hộ và cá nhân kinh doanh trên nền tảng thương điện tử, tổ chức là nhà quản lý sàn giao dịch thương mại điện tử hoặc nền tảng số có chức năng thanh toán, bất kể trong hay ngoài nước đều phải thực hiện khấu trừ, nộp thuế thay và kê khai số thuế đã khấu trừ. Bộ Tài chính cũng đề xuất quy định bắt buộc ‘các chủ thể kinh doanh thương mại điện tử xuyên biên giới phải thực hiện thanh toán qua cổng thanh toán chuyên biệt’. Biện pháp này sẽ giúp kiểm soát thông tin giao dịch, từ đó hạn chế thất thu thuế trong môi trường số.

Ủy ban nhân dân TP. Hà Nội cũng kiến nghị Bộ Tài chính bổ sung quy định hộ kinh doanh bắt buộc phải đăng ký tài khoản ngân hàng/giao dịch điện tử phục vụ riêng cho hoạt động kinh doanh. Thông qua tài khoản giao dịch riêng, cơ quan quản lý có thể kiểm soát dòng tiền thuận tiện hơn.

Về kết quả thu thuế, Tổng thu thuế từ các tổ chức, cá nhân có hoạt động thương mại điện tử trong giai đoạn 2022-2024 đạt khoảng 296.000 tỷ đồng. Riêng 6 tháng đầu năm 2025, số thu từ khu vực này đạt 98.000 tỷ đồng, tăng 58% so với cùng kỳ năm trước. Trong đó, 163 nhà cung cấp nước ngoài đã đăng ký thuế, kê khai và nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử với tổng số tiền là 5,7 nghìn tỷ đồng, tăng 41% so với cùng kỳ; 88,6 nghìn tỷ đồng tiền thuế đến từ gần 93.000 tổ chức, cá nhân có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử; số tiền thuế đã nộp từ 130 nghìn hộ, cá nhân kinh doanh thực hiện đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế trên Cổng thông tin điện tử là gần 1,7 nghìn tỷ đồng. Cuối cùng, số thuế thu được từ 752.176 trường hợp là cá nhân, hộ kinh doanh có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử với là gần 1,5 nghìn tỷ đồng.

Tổng quan, việc quản lý thuế trong lĩnh vực thương mại điện tử đang được chú trọng và cải thiện. Tuy nhiên, vẫn cần có sự phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan quản lý và doanh nghiệp để đảm bảo việc kê khai và nộp thuế đúng quy định. Đề xuất của Bộ Tài chính và Ủy ban nhân dân TP. Hà Nội nhằm mục đích tăng cường kiểm soát dòng tiền và hạn chế thất thu thuế trong môi trường số.

Nhiều hộ kinh doanh cá thể đang gặp khó khăn khi phải áp dụng các quy định mới về thuế và hóa đơn điện tử. Từ ngày 1/6/2025, các hộ kinh doanh có doanh thu từ 1 tỷ đồng/năm trở lên bắt buộc phải xuất hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có mã của cơ quan thuế. Quy định này nhằm mục đích tăng cường quản lý và minh bạch hóa các giao dịch kinh doanh, đồng thời giúp cơ quan thuế theo dõi và thu thuế hiệu quả hơn.

Ông Nguyễn Tiến Anh, chủ một quán cà phê nhỏ tại Hà Nội, chia sẻ rằng việc áp dụng hóa đơn điện tử là một bước tiến tốt, nhưng việc triển khai và áp dụng sẽ gặp nhiều khó khăn. “Hiện tại, nhiều hộ kinh doanh như tôi vẫn chưa nắm rõ các quy định và thủ tục cần thiết để triển khai hóa đơn điện tử. Ngoài ra, việc đầu tư máy tính và phần mềm để khởi tạo hóa đơn điện tử cũng là một khoản chi phí không nhỏ đối với các quán ăn, tiệm cà phê nhỏ.”

Không chỉ vậy, từ ngày 1/1/2026, các hộ kinh doanh cá thể sẽ phải chuyển hoàn toàn sang phương pháp kê khai theo hóa đơn, chứng từ thực tế. Điều này đồng nghĩa với việc các hộ kinh doanh sẽ phải lưu giữ và kê khai tất cả các hóa đơn và chứng từ liên quan đến hoạt động kinh doanh của mình, thay vì áp dụng phương pháp nộp thuế khoán như trước đây. Việc này đòi hỏi các hộ kinh doanh phải có kiến thức và kỹ năng về kế toán và quản lý tài chính.

theo VnExpress, để hỗ trợ các hộ kinh doanh, cơ quan thuế đã có các chương trình tuyên truyền và hướng dẫn về các quy định mới. Tuy nhiên, nhiều hộ kinh doanh vẫn tỏ ra băn khoăn và lo lắng về việc triển khai các quy định này. Do đó, cơ quan thuế cần tăng cường hỗ trợ và hướng dẫn để giúp các hộ kinh doanh vượt qua thách thức này.